北京清能创新科技有限公司原名北京清华同方科技公司，组建于1992年5月，是一家以清华大学的高科技为依托并经北京市科学技术委员会认定的高新技术企业。2005年公司通过股份制改革，由清华控股有限公司和中核能源科技有限公司合作投资组建，注册资本1552.49万元，改名为北京清能创新科技有限公司。2012年1月，清华控股有限公司通过《股权转让合同》回购了中核能源科技有限公司持有的5.50%股权，公司变为清华控股有限公司的全资子公司。